Se você acessou uma pasta via FTP que tem muitos arquivos e algum arquivo ou subpasta específica não aparece, é porque o número de arquivos da pasta atual passou de 10 mil. O FTP só lista os primeiros 10 mil arquivos da pasta, e o que você procura pode estar mais abaixo.

Mesmo não vendo o arquivo ou subpasta na listagem, você pode acessá-lo pelo nome. Por exemplo, no FileZilla, informe o nome da subpasta que deseja acessar digitando-o no campo "Endereco remoto" e tecle Enter.

Para transferir um arquivo manualmente, acesse o menu "Transferir" e escolha "Transferência manual...".

Preencha o nome do arquivo local (ou deixe como está), o caminho remoto (se for diferente da pasta atual) e o nome do arquivo que quer transferir. Clique em "OK".