Passo 1: acesse seu painel de controle usando as informações fornecidas no e-mail de boas-vindas. Caso seu domínio não tenha sido registrado/transferido ainda, use o endereço alternativo.

Passo 2: identifique-se informando o nome da sua conta e senha.

Passo 3: clique na função "Setup Nodejs App". Se não encontrar essa função no painel de controle de sua conta de hospedagem, entre em contato conosco para habilitarmos.

Passo 4: se você já criou uma aplicação, ela vai aparecer na lista. Clique no ícone do lápis para alterá-la.

Passo 5: clique em "Run NPM install".

O painel de controle vai detectar os pacotes NPM necessários para rodar sua aplicação e instalá-los. Uma mensagem vai confirmar se a operação ocorreu com sucesso.

Pacotes de desenvolvimento e produção

Caso sua aplicação esteja definida como de "desenvolvimento", pacotes que estiverem definidos em "devDependencies" no arquivo packages.json também serão instalados:

"dependencies": {
  "express": "^4.12.2",
  "mongoose": "^3.8.24"
},
"devDependencies": {
  "chai": "^2.1.0",
  "mocha": "^2.1.0"
}

A razão é que alguns pacotes/dependências só são necessários em um ambiente de desenvolvimento, como para facilitar debug, testes, etc.